Les biocarburants bénéficient depuis 1992 d'une exonération partielle de TIPP afin de compenser leurs surcoûts de production (ETBE et EMHV) par rapport aux carburants traditionnels.

Cette défiscalisation (article 265 bis A du Code des Douanes) est accordée aux biocarburants produits par des unités ayant reçu un agrément après appel d'offre communautaire . En 2004, pour la première année, l'éthanol incorporé directement dans l'essence a bénéficié également d'une défiscalisation

Cette défiscalisation est conforme à la directive européenne 2003/96/CE sur la fiscalité de l'énergie, qui permet aux États membres d'avoir une fiscalité spécifique pour les biocarburants afin d'en assurer le développement et la promotion. Cette défiscalisation a permis un développement significatif de la production et de la mise sur le marché des biocarburants.

La France a été un précurseur dans la production des biocarburants, dont elle est le second producteur avec 52 000 tonnes, soit un peu plus de 1 % de la consommation. Ce succès, elle le doit à la défiscalisation, confirmée dans la loi de finances de 2004, mais qui a un coût : 180 millions d'euros par an. Le coût de revient, hors taxes, est ainsi double de celui du pétrole.